En 2007, los Ministros de Salud de la Subregión de Centroamérica y República Dominicana delegan oficialmente al Mecanismo de Coordinación Regional (MCR) como coordinador técnico en los asuntos relacionados al VIH-Sida. En el MCR participa la OPS, ONUSIDA representando al Sistema de Naciones Unidas, la cooperación bilateral y un representante de la sociedad civil.

El MCR es responsable del proceso de homologación y armonización de toda la cooperación (Sub)Regional en el tema para facilitar su funcionamiento y ejecución de sus competencias de coordinación. El MCR trabaja coordinadamente con COMISCA a través de los jefes de programa nacionales y de la SISCA.